Henrietta Churchill sinh ngày 19 tháng 7 năm 1681, là con gái thứ hai của John Churchill, Công tước thứ 1 xứ Marlborough và Sarah Jennings.[3][4] Ngày 29 tháng 7 năm 1681, Henrietta được rửa tội ở Nhà thờ St Martin-in-the-Fields,[3] với mẹ đỡ đầu là bà ngoại là Frances Thornhurst và bác gái bên ngoại là Frances Jennings, Bá tước phu nhân xứ Tyrconnell. John Churchill, Công tước thứ 1 xứ Marlborough cũng có mặt tại lễ rửa tội của con gái.[4] Henrietta có một người chị gái tên là Harriot, thế nhưng Harriot đã qua đời khi chỉ được khoảng hai tháng tuổi.[5] Henrietta còn có năm người em khác, lần lượt là Anne, John, Elizabeth, Mary và Charles.[6] Khi còn bé, Henrietta và em gái Anne được chăm sóc bởi Anne Digby, Bá tước phu nhân xứ Sunderland (sau là mẹ chồng của em gái Anne) khi Sarah phải thực hiện nghĩa vụ ở triều đình.[7] Henrietta được gọi thân mật là Harriet và được tiếp nhận nền giáo dục tại nhà dưới sự giám sát của mẹ.[8] Khi lớn lên, Henrietta được mô tả là một người phụ nữ xinh đẹp[9][10] và được nhận định là người phụ nữ quyến rũ và thích buông lời tán tỉnh.[11]

Năm 1682, Henrietta được gọi là Henrietta Churchill Danh dự sau khi cha được phong làm Lãnh chúa Quốc hội Scotland năm 1682. Năm 1689, cha của Henrietta được tấn phong làm Bá tước xứ Marlborough, do đó Henrietta được gọi là Lady Henrietta Churchill, ứng với địa vị dành cho con gái Bá tước Anh.[1]